El 5 de diciembre de 2025, el Club de Fútbol de la UCuenca inició su participación en el Campeonato Nacional Universitario de Fútbol organizado por la Federación Ecuatoriana de dicha disciplina. En su grupo disputó partidos con la Universidad Politécnica Salesiana y Escuela Superior Politécnica Salesiana. Llegó hasta octavos de final, etapa en la que enfrentó a la Universidad de Guayaquil.
